Династия восточных Караханидов пресеклась в 1210 г. Что касается Западного каганата, то у него сложились враждебные отношения с сельджуками. Яблоком раздора стали территории по обоим берегам Амударьи, в районе двух важных городов – Термеза и Балха, которые попали к сельджукам после того, как их вынуждены были оставить газневиды.

Сельджуки в 1072 г. предпринимают грандиозный поход против караханидов, закрепляют за собой города Термез и Балх, и с этих пор инициатива в области внешней и внутренней политики целиком переходит к сельджукам.

В 1089 г. огромное войско сельджуков переправляется через Амударью и в том же году, после упорного сопротивления жителей, берет Бухару и Самарканд. Для Караханидов наступил период политического упадка. Здесь следует отметить, что ослаблению государства Караханидов способствовало противостояние главы каганата Арслан-хана (1102–1130 гг.) и его предшественников верхушке мусульманского духовенства, которая рвалась к управлению государством.

Когда Арслан-хан, ввиду своей болезни, назначил соправителем своего сына Насра, духовенство организовало заговор, и Наср был убит. Тогда Арслан-хан призвал на помощь султана Санджара из Мерва. И хотя Ахмед, второй сын Арслан-хана, сам восстановил порядок в Самарканде и предал казни мятежников, султан Санджар двинулся с войском в Мавераннахр. Помощь дружественного соседа, каким считался сельджукский султан Санджар, вылилась в завоевательный поход. Султан Санджар осадил Самарканд и взял его в 1130 г. Арслан-хан был вынесен из осажденного города на носилках и отправлен в Балх, где вскоре умер.

Хотя после 1130 г. в Самарканде правили ханы из караханидского дома, однако они уже утратили свою самостоятельность и в основном подчинялись воле султана Санджара, который в это время был на вершине своего могущества.

Караханидское и сельджукское завоевания в Мавераннахре способствовали переселению немалого количества тюрков. В большинстве своем эти тюрки находились в составе войска, но затем в некоторых районах они осели и перешли к оседлому образу жизни.

В 1125 г. с востока пришли каракитаи. Сначала они поселились в районе Чугучака, а потом перешли дальше на юго-запад и заняли караханидскую столицу Баласагун. Представитель правящего киданьского рода Елюй Даши, бежавший от чжурчжэней на север, объединил среднеазиатских каракитаев и, приняв титул гурхана, основал государство со столицей Баласагун. Власть гурханов простиралась на запад до Амударьи, на север – до Балхаша. Каракитаи восприняли тюркский язык. В начале XIII в. государство каракитаев было захвачено тюрко-монголами, впоследствии они вошли в состав Золотой Орды и Узбекского ханства. Потомки каракитаев образовали роды в составе башкир, казахов, кыргызов, каракалпаков, узбеков и др. Итак, каракитаи сделали Баласагун главным городом каракитайского государства. Отсюда каракитаи и совершали свои набеги на запад – в Шаш, Фергану, долины Зарафшана и Кашкадарьи.

В 1138 г. каракитайский гурхан нанес под Ходжентом крупное поражение самаркандскому караханидскому хану Махмуду, ближайшему родственнику султана Санджара. Но каракитаи не пошли в глубь страны, а, ограничившись данью, вернулись домой. Мир, однако, не был долгим. В 1141 г. каракитаи вновь появились в Мавераннахре. На это раз отстаивать целостность Караханидского государства пришел султан Санджар. Объединенное войско Махмуда и Санджара стояло в Катванской степи, близ Самарканда. Главные силы были сконцентрированы в руках султана Санджара. Битва под Самаркандом закончилась полным поражением Санджара.