Новая политика Хубилая также находила отражение и в его военных операциях. Он использовал все возможности для спасения китайцев от ужасов войны и обещал почетный мир каждому китайскому городу, который сдастся добровольно. Эта политика приносила плоды, и в 1276 г. монгольский полководец Байян захватил Ханижоу в Шеньяне, где искали убежища вдовствующая императрица и ее сын. Байян отослал их в Пекин, где мальчик-император по совету своей матери формально передал свои императорские права Хубилаю.

Последней битвой этой войны стало морское сражение в Кантонском заливе в 1279 г., неподалеку от впадения в Южно-Китайское море реки Чжуцзян. Тюрко-монголы потопили все до единого сунские корабли. Сунский принц прыгнул в море с малолетним императором династии Сун на руках. На прибрежных островах тюрко-монголы устроили облаву на оставшихся в живых. В 1279 г. весь Китай подчинился монгольскому императору.

Однако в тюрко-монгольском мире у Хулагу объявился соперник в лице внука Угэдея Кайду, который поставил своей целью объединение улуса Угэдея. К 1269 г. он был господином Мавераннахра и Кашгара, и его лидерство признавалось не только большинством родичей, но и некоторыми представителями дома Чагатая. В 1274 г. Кайду почувствовал себя достаточно сильным, чтобы заявить о независимости.

По словам Л. Гумилева, последним паладином монгольской воинской славы стал царевич Кайду.

В отличие от своего предшественника, Ариг-Буки Кайду был честолюбив и талантлив. Нет свидетельств, что он позволял манипулировать собою каким-либо группировкам, скорее, он использовал их в своих целях. Но ни один претендент не может побеждать без опоры, без особой настроенности масс. И Кайду не был исключением: он знал, где искать и как найти соратников. На берегах Итиля и склонах Тарбагатая жили монголы, оставшиеся верными старым обычаям и степному образу жизни. Они были антитезой солдат Хубилая, предававшихся войне и разгулу в побеждаемом Китае. «Без сомнения, – пишет Р. Груссе, – они были поражены переносом столицы в Китай и превращением ханства в империю». Эти перемены были им чужды и противны, и именно эту настроенность использовал Кайду, став вождем всех западных тюр ко-монголов.

Объединив под своим знаменем всех монгольских князей и ханов Центральной Азии, Кайду начал в 1275 г. войну с Хубилаем и вел ее до самой смерти, наступившей в 1301 г. Война состояла не столько из крупных сражений, сколько из маневров, набегов и контрнабегов. Против своих сородичей Хубилай выставил кыпчакскую конницу, которая прекрасно воевала в степных условиях. Религиозная проблема при Кайду отошла на второй план, так как на его стороне кроме несториан были центральноазиатские мусульмане и последователи «черной веры» – иными словами, все защитники традиций империи Чингисхана. Они не одержали победы, но и не потерпели поражения.

Вслед за завоеванием Южного Китая Хубилай обратил особое внимание на периферийные государства. Дорога к Тибету была открыта для тюрко-монголов после разгрома царства Тангут Чингисханом в 1227 г. В ходе последующих войн с Китаем тюрко-монголы пересекли восточную часть Тибета и захватили некоторые из его провинций. После своего обращения в буддизм Хубилай рассматривал себя как естественного защитника тибетских монахов и в 1261 г. назначил ламу Пагба Ханом Закона, дав ему духовную и светскую власть в Тибете. В ответ лама благословил династию Юань. Именно Пагба разработал новый монгольский алфавит, так называемую квадратную письменность, которая использовалась монголами в период Юань.

В экспедициях армии Хубилая в Аннам, Чамну, Камбоджу и Бирму в 1280 г. тюрко-монголы одержали сначала несколько побед, но их войска пострадали от дизентерии и иных тропических болезней; в целом, солдаты тюрко-монгольской армии не смогли приспособиться к влажному климату нового театра военных действий. Это в конце концов привело к поражению и отступлению тюрко-монголов. И все же правители индокитайских государств находились под сильным впечатлением от тюрко-монгольской мощи, и к 1288 г. многие из них признали сюзеренитет Хубилая.