Неудачный исход мирных переговоров с Тимуром-султаном весьма расстроил шаха Исмаила, посему последний стал действовать иначе. Он вступал в контакт с правителем Бадахшана Увейс-мирзой, призывая его к выступлению против узбеков, разумеется, свою помощь шах гарантировал. Этот призыв был в унисон с устремлениями Увейс-мирзы, который немедля мобилизовал все свои силы и выступил в Кундуз. Правитель Кундуза бежал в Гисар. Обстановка благоприятствовала, и тогда Увейс-мирза послал Бабуру письмо с предложением присоединиться к его армии, потому как настал момент отвоевать наследственные земли Бабура. В свою очередь Бабур, несмотря на зимнюю пору, как можно скорее выступил в поход на Мавераннахр. Его войска достигли Кундуза в январе 1512 г., где Бабура с большим почетом встретил Увейсмирза.

Вскоре в крепость от шаха Исмаила прибыла миссия в сопровождении сестры Бабура, Ханзадэ-бегим. Кстати, ранее, когда Шейбани-хан предпринял осаду Бабура в Самарканде, Бабур за «выкуп своей жизни» отдал хану свою сестру, принцессу. Ханзадэ-бегим попала в гарем Шейбани-хана и родила ему сына Хуррам-шах-султана, которому отец пожаловал Балхскую область. При этом Шейбани-хан всегда был преисполнен недоверия к своей жене и спустя некоторое время предоставил ей развод. Впоследствии она попала ко двору шаха Исмаила, где пользовалась неизменным почтением. Что касается сына, то он умер через год или два после гибели Шейбани-хана.

Так вот, через Ханзадэ-бегим шах предлагал Бабуру начать военные действия против узбеков, обещая при этом свою помощь. Безусловно, это предприятие было в интересах Бабура. В благодарность за такое отношение Бабур отправил шаху ценные сувениры, изготовленные в Индии и Мавераннахре, а также послание с выражением искренней готовности стать шиитом и провозгласить шиизм государственной религией в своих владениях. Шах не преминул оперативно направить Бабуру персидские военные силы.

Любопытно, что источники предлагают две версии контакта Бабура и шаха Исмаила, т. е. двояко трактуют поведение Бабура в сложившейся ситуации.

Согласно первой версии, неверный политический шаг, погубивший все начинания Бабура в деле освобождения Мавераннахра от узбеков – признание себя перед шахом шиитом и обещание ввести шиизм как господствующую религию в Мавераннахре, а через это, естественно, стать вассалом шаха Исмаила, – был вызван тем, что он имел малочисленные войска. Бабур располагал лишь ничтожным отрядом своих чагатайцев и войсками вероломных моголов, которые, в частности, под Самаркандом были его союзниками, но, видя, что перевес в битве Бабура с Шейбани-ханом произошел в сторону последнего, бросились грабить и убивать воинов Бабура. Кавалерийские же отряды моголов, имевшиеся в армии Шейбани-хана, после его гибели бросили узбеков и, уйдя на восток, подошли к Кундузу, где вступили в армию темурида Увейс-мирзы. Насколько ненадежны были моголы, демонстрирует и тот факт, что когда Бабур был еще в Кундузе, то некоторые из наиболее влиятельных могольских вождей предложили его лучшему другу, двоюродному брату Султан-Саид-хану, устранить Бабура, поскольку в лагере находилось около 20 тыс. монголов, а чагатайцев менее 5 тыс., поэтому заменить Бабура на Султан-Саид-хана не представляло особых проблем. Последний отверг это вероломное предложение и, видя, что надежда на верность моголов ничтожна, что они не преминут при случае перейти во враждебный лагерь и что сам он, как могол, может оказаться в очень неприятном положении, попросил одного из наиболее приближенных к Бабуру эмиров дипломатично доложить последнему, что «поскольку со дня на день увеличивается счастье и благополучие государя и все народы обращают свои взоры на черты убежища мира, особенно моголы, выделяющиеся из большинства народов своим могуществом, численностью и силою, а их эмир из числа прочих особенно возвеличен и всегда энергично выступает, то теперь он, Султан-Саид-хан, просит Бабура старое с ним единение превратить в новосозданную разлуку.