В Казани погибли культурные ценности, накопленные целыми поколениями. Были разрушены и сожжены книгохранилища, медресе. Безвозвратно погибли тысячи книг и памятники культуры, имевшие мировое значение.

В тот же день русский царь въехал в крепость через ворота Нур-Али и посетил ханский дворец. Для въезда Ивана IV в город едва смогли расчистить от трупов одну-единственную улицу.

Хан Ядыгар, взятый в плен 2 октября 1552 г., был под конвоем доставлен в Москву. В январе 1553 г. ему предложили креститься, за что обещали свободу и почетное положение. 26 февраля 1553 г. хан Ядыгар торжественно принял крещение, окунувшись в прорубь Москвы-реки. При крещении ему дали имя Симеон. Хан Ядыгар-Симеон умер в Москве 26 августа 1565 г. и был погребен в Благовещенской церкви Чудова монастыря.

Казанское ханство шесть лет после падения своей столицы ожесточенно сопротивлялось. О серьезности сопротивления свидетельствует то, что тюрко-монголам удалось уничтожить целое московское войско с боярином Борисом Морозовым во главе, которого они взяли в плен, а потом убили. В летописях участника войны 1552–1556 гг. князя Курбского написано: «…при усмирении погибло столько русских служилых, что и поверить трудно».

Несмотря на падение Казани, война не закончилась, что вскоре стало понятно. Уже в конце 1552 г. были совершены нападения на русских гонцов, купцов и служилых людей. Карательные экспедиции, отправляемые из Свияжска и Казани, не принесли ожидаемого успеха. Возникли проблемы со сбором налогов: некоторые сборщики были убиты. Вскоре вспыхнуло настоящее восстание. Восставшие разгромили несколько небольших русских отрядов. Один из воевод – Борис Салтыков – попал в плен и впоследствии был убит. Массовые казни, проводившиеся русскими, не могли прекратить движения. Центром восстания стал город Чалым, находившийся на правом берегу Волги. Мятежники даже восстановили ханскую власть: на престол был приглашен один из ногайских князей Али-Акрам, прибывший с отрядом в 300 ногайцев. Уже в 1553 г. русские власти направили против тюрко-монголов крупные силы под командованием Даниила Адашева.

В том же году в поход отправилась армия под командованием князя Микулинского, воевавшая по реке Каме. Прибегая к самым жестким мерам, удалось на время прекратить восстание, но в 1554 г. борьба возобновилась. Новая русская рать под командованием Мстиславского пленных не брала – все были казнены. На территориях ханства были построены специальные укрепленные пункты (башни, остроги) с русскими гарнизонами. В 1556 г. был взят опорный пункт тюрко-монголов город Чалым. После этого дальнейшее сопротивление стало бесполезным. Против тюрко-монголов начали выступать и некоторые местные народы, утомленные бесконечной войной и жестокими репрессиями, проводившимися русскими властями. Хан был убит самими мятежниками, а основные лидеры движения погибли. К 1557 г. на территории бывшего ханства наступило спокойствие. Вся страна была страшно разорена, резко сократилось количество населения.

В Казани была возведена каменная крепость, тюрко-монгольскому населению жить в городе запрещалось, мечети были разобраны. После подавления восстания многие земли местных феодалов были конфискованы и перешли государю, духовенству, русским служилым людям и тем тюрко-монголам, которые признали новую власть. Постепенно в крае стало увеличиваться русское население. Только теперь можно было считать, что Казанское ханство перешло к России. Столетние отношения России и Казанского ханства насчитывают несколько этапов. Победы Улу-Мухаммеда при Василии II позволили создать и укрепить новое тюрко-монгольское государство. Вполне вероятно даже, что московские правители некоторое время вынуждены были платить Казанским ханам дань. Однако с укреплением Руси при Иване III начинается русское наступление: Казань в конце концов на долгое время попадает в зависимость от России, ее внешняя политика, а отчасти и внутренняя контролируется русскими властями. В своих действиях московское правительство опиралось как на военную силу, увеличивавшуюся с каждым годом, так и на прорусски настроенных представителей тюрко-монгольской знати. Борьба различных группировок в Казани и национальные противоречия ослабляли Казанское ханство.