Один из сыновей Дувы, Кутлук-Ходжа, закрепился в Восточном Афганистане. И сразу после вступления во владение своим наделом он организовал новый разбойный набег и дошел до ворот Дели (1299–1300 гг.?). В 1303 г. 120 тыс. воинов чагатайской армии во главе с принцем Тургаем совершили новый поход. Монголы встали лагерем под стенами Дели и в течение двух месяцев вели осаду; затем, разграбив окрестности, огромная армия отступила и вернулась в Афганистан: возможно, это случилось из-за отсутствия у тюрко-монголов осадных орудий. В 1304 г. новый рейд: 40 тыс. тюрко-монгольских всадников разграбили Пенджаб, к северу от Лахора, и дошли до Амрохи, к востоку от Дели, где их разгромил Туглуп, военачальник султана Ала-ад-Дина: 9 тыс. тюрко-монгольских пленников были раздавлены слонами. Чтобы отомстить за их гибель, чагатайский принц Кебек огнем и мечом прошел через Мултан, но на обратном пути его настиг на берегах Инда Туглуп и устроил побоище (1305–1306 гг.). На этот раз пленных монголов отправили в Дели, где их бросили под ноги слонов.

Между тем персидские ханы считали бедствием появление чагатайской колонии в Восточном Афганистане, которой правил Кутлук-Ходжа.

Преемником его стал сын Давуд-Ходжа. В 1313 г. персидский хан Олджайту послал туда армию, которая заставила Давуд-Ходжу уйти в Мавераннахр. Давуд-Ходжа пришел к своему дяде и сюзерену, чагатаидскому хану Есен-Буке, молить о помощи. Есен-Бука направил против персидского ханства войско под командованием Кебека и Давуд-Ходжи. Они перешли через Амударью, разгромили противника на Мургабе и разграбили Хорасан до самого Герата (1315 г.). Но им пришлось покинуть захваченную территорию, когда на Чагатайское ханство напали с тыла тюрко-монголы Китая. Есен-Бука был вынужден вступить в другую войну с Пекином и потерпел поражение от императорских войск в предгорьях Тенгри, между Кучей и Иссык-Кулем. В отместку он перебил посланников великого хана, которые возвращались из Ирана в Пекин. После этого Тогачи во главе императорской армии вторгся в Чагатайское ханство и разгромил зимнюю резиденцию Есен-Буки на Иссык-Куле, а также летнюю ставку на Таласе.

В довершение этих бед один из чагатаидских принцев, Яссавур, поссорился с Есен-Букой и Кебеком, переправился через Амударью и вместе со своими союзниками-вассалами, в числе которых было много жителей Бухары и Самарканда, пришел на поклон к персидскому хану. Тот принял и устроил прибывших на территории Восточного Афганистана, впрочем уже завоеванной чагатаидами: Балх, Бадахшан, Кабул и Кандагар (1316 г.). Вскоре после этого Яссавур поднял бунт против персидского хана и стал хозяином части Хорасана (1318 г.). Но правитель Чагатайского ханства Кебек, унаследовавший трон своего брата Есен-Буки, личный враг Яссавура, предложил помощь персидскому хану. В то время как персидская армия наступала на Яссавура с тыла, чагатайское войско перешло через Амударью и атаковало его с фронта. Брошенный своими солдатами, Яссавур погиб во время отступления (1320 г.).

Судя по монетам, Кебек царствовал до 1326 г. По замечанию Бартольда, значение его правления заключается в том, что в отличие от своих предшественников он проявлял интерес к старой цивилизованной стране Мавераннахр и к городской жизни. В окрестностях Нахшеба или Насефа (к юго-западу от Самарканда) он построил дворец, который дал имя нынешнему городу Карши (по-монгольски – дворец). Именно он ввел в обращение монеты из серебра, которые позже стали называть «кебеки» – первые официальные деньги Чагатайского ханства. Прежде здесь не было других монет, кроме тех, что чеканили некоторые города или местные династии. Тем не менее несмотря на ситуацию в Мавераннахре, Кебек не принял мусульманство.

У Кебека были три брата-наследника: Элджигидай, Дува-Тимур и Тармаширин. Двое первых процарствовали по нескольку месяцев.

Царствование Тармаширина продолжалось долго: 1326–1333 гг. (?). В 1327 г. он возродил традицию крупных экспансий в Индию, дошел до ворот Дели и, по некоторым источникам, ушел оттуда, только получив огромный выкуп. По другим источникам, султан Дели Мохаммед-ибн-Туглук отбросил и преследовал его армию до Пенджаба. Впрочем, Тармаширин, несмотря на свое буддийское имя, взятое из санскрита, принял ислам и стал султаном под именем Ала-ад-Дин.

Но если это обращение было благожелательно принято жителями Мавераннахра, то оно вызвало неодобрение со стороны кочевников Иссык-Куля и Или, которые увидели в нем измену чингисидской Ясе. В этой связи против правления Тармаширина началось восстание (1333–1334 гг.), которое привело к восхождению на трон хана Джинкши, внука Дувы (он царствовал в долине Или с 1334 по 1338 г.).

Антимусульманская реакция, характеризующая это царствование, была на руку несторианцам, пребывающим в большом количестве среди жителей Алмалыка и Пишпека, и католическим миссионерам, которые в течение нескольких месяцев снова могли проповедовать и строить церкви. Один из сыновей хана Джинкши (в возрасте семи лет) получил с согласия отца крещение под именем Жан.