Ситуация в Хорасане была совсем иной. Шахрух являлся властителем провинции с 1397 г. и держался настолько прочно, что не боялся соперничества со стороны других членов династии. Но после смерти Темура и он не мог доверять местным хорасанским правителям или военачальникам своей армии. Темур особенно благоволил к правителям Хорасана, Мазандарана и Систана, и они обладали достаточной мощью, чтобы сопротивляться его наследникам.

В первые годы после смерти Темура Шахрух почти постоянно усмирял восстания местных правителей, которые при жизни Великого эмира были исключительно верны ему и пользовались его особой благосклонностью. Поэтому они сохранили свое могущество и воспользовались расколом династии темуридов в собственных интересах.

В то же время Шахрух столкнулся с предательством и заговорами собственных эмиров, в частности соратников Темура и их сыновей. Самыми опасными оказались люди, приближенные к властелину. Эти эмиры потребовали привилегий и, не получив их, стали открыто проявлять недовольство. Первым восстал в начале 1405 г. Сулайман-шах бен-Дауд, породнившийся с династией через брак и назначенный правителем Райи и Фирузкуха. Непосредственной причиной восстания Сулайман-шаха была казнь Шахрухом племянника Темура Султан Хусейна, которого Сулайман-шах укрывал у себя, когда тот сбежал из Мавераннахра после бунта оппозиции Халил Султана.

В конце 1406 г. против Шахруха объединились некоторые самые влиятельные его эмиры. Восстание возглавил сын соратника Темура – Саид Хаджа. Шахрух снарядил большую экспедицию и обратил их в бегство. Саид Хаджа сбежал в Шираз, но Пир Мухаммад выдал его Шахруху, и тот казнил его. Некоторые примкнувшие к Саиду Хадже эмиры вернулись к Шахруху, другие остались в Фарсе.

В конце 1408 г. вновь организовался заговор другой группы влиятельных эмиров. Главой заговора был Джаханмалик бен-Мулкат. Джаханмалик был послан на службу Шахруху, когда принц был еще ребенком, и посему пользовался большим авторитетом. Причиной заговора было опасение высоких налогов со стороны визиря Шахруха, составившего подробный список всех владений людей Шахруха, в котором их богатства были весьма преувеличены. В результате многие эмиры проявили недовольство, которое переросло в предательство. Почти все заговорщики были сыновьями и внуками самых видных сподвижников Темура. Они покинули Герат, надеясь прибрать к рукам войска, подготовленные к походу в Систан, но Шахрух успел разоблачить их и разгромить. Многих он захватил в плен, казнил Джаханмалика и Саадата бен-Темурташа, некоторых помиловал.

Как и другие принцы, Шахрух нуждался в деньгах, чтобы обеспечить верность своей армии. Историки упоминают мало случаев раздачи наград Шахрухом. Возможно, это свидетельствует о нежелании истощать казну, которая образовалась за время его правления в Хорасане. В отличие от Халил Султана, ему была свойственна привязанность к управляемой им области и заинтересованность в ее благополучии. В 1405 г., когда Шахрух планировал поход в Мавераннахр с целью свергнуть Халил Султана, он послал эмиров собрать вой ско и деньги в своей провинции и одновременно отправил Шахмалика в Бухару за ее казной.

С целью поощрения своих военачальников он использовал земельные наделы, или «суюргалы». Количество подарков, которые Шахрух раздал в первые годы своего правления, и постоянное употребление слова «суюргал» свидетельствуют о том, что это были земельные дары, не подлежавшие налогообложению и приносившие доход владельцам. Такой метод редко применялся при Темуре, но при Шахрухе стал основным средством оплаты.