Мангкытская династия правила в Бухаре с 1753 по 1920 г. В 1866 г. она перешла под протекторат России. В 1920 г. Советы свергли последнего потомка Чингисхана.

Как мы знаем, узбекский завоеватель Мухаммед Шейбани в 1505–1506 гг. захватил Хорезм, или Хивинское государство и Мавераннахр. После смерти Мухаммеда Шейбани на поле битвы при Мерве (декабрь 1510 г.), когда персы оккупировали Мавераннахр и Хорезм (1511–1512 гг.), жители Ургенча и Хивы, закоренелые сунниты, восстали против шиитства и прогнали их. Предводитель одной побочной ветви шейбанидов, Илбарс, вставший во главе восстания, основал независимое ханство в Бухаре.

Эта ветвь правила в Хорезме с 1512 по 1920 г. Кроме ее основателя Илбарса (1512–1525 гг.), следует упомянуть хана Ходжи-Мухаммеда (1558–1602 гг.), в правление которого хан Абдулла II на короткое время захватывал Хорезм (1594 г. и 1596 г.). При Араб-Мухаммеде (1603–1623 гг.) был истреблен тысячный русский отряд, двигавшийся на Ургенч. В 1613 г. в Хорезм вторглись калмыки, но скоро ушли оттуда, захватив добычу. В середине царствования Араб-Мухаммеда столица была перенесена из Ургенча в Хиву в связи с высыханием левого рукава Амударьи.

Самым известным ханом Хивы был Абул-Гази Бахадур (1603–1663 гг.) Он – один из крупнейших чагатайских историков, писавший на тюркском языке, автор «Родословного древа тюрков», ценного труда об истории Чингисхана и чингисидов, в особенности дома Джучи, к которому принадлежал сам автор. Его войска отразили нападение калмыков-кошотов, затем он разгромил калмыков-торгутов (1651–1652 гг.). Он также вел войну против Бухарского хана Абдель-Азиза.

Хивинский хан Илбарс II, убив персидских послов, вызвал яростный гнев персидского царя Надир-шаха, и в октябре 1740 г. Надир-шах двинулся на Хорезм, заставил капитулировать крепость Ханках, где укрывался Илбарс, и взял Хиву (ноябрь 1740 г.). На сей раз он не был так милосерден, как в Бухаре, и велел казнить Илбарса, оскорбившего его в лице послов. С 1740 г. до самой смерти Надир-шаха (1747 г.) хивинские ханы оставались верными вассалами Ирана.

В 1873 г. хивинский хан Мухаммед Рахим-хан признал российский протекторат. В 1920 г. последний хивинский чингисид, Саид Абдулла-хан, был сброшен с трона Советами.

Фергана была частью Мавераннахра в эпоху шейбанидов и при первых аштарханидах. Но власть аштарханидов над Ферганой была чисто номинальной, т. к. Фергана большей частью оказалась в руках кыргызов-казахов, не говоря уже о местной власти в лице ходжей из Чадака, севернее Сырдарьи. В 1710 г. шейбанид по имени Шахрух, потомок Абулхайра, сбросил иго ходжей и основал в Фергане независимое Кокандское ханство со столицей в Коканде (1710–1876 гг.).

Кокандский хан Ирдана, или Эрдени в 1758 г. объявил себя вассалом Китая, потому что китайские войска подошли к его границам. Он пытался сформировать против китайцев коалицию с афганским царем Ахмедом Дуррани, но экспедиция афганцев в 1763 г. результатов не принесла.

В период между 1800 и 1809 гг. кокандский хан Алим увеличил свою территорию, присоединив к ханству Ташкент. Мухаммед Омар, брат и преемник Алима (1809–1822 гг.), аннексировал Туркестан (1814 г.). При Мухаммеде Али, сыне и преемнике Омара (1822–1840 гг.), кыргызы-казахи, жившие между городом Туркестаном и южным побережьем озера Балхаш, признали своим сюзереном кокандского хана, чье царство в те годы достигло вершины могущества. Но незадолго до 1865 г. Бухарское ханство вернуло Ташкент, хотя уже в июне того же года русские отобрали его у бухарцев.

В 1876 г. Россия аннексировала и Кокандское ханство.

В Западной Сибири, район среднего течения Иртыша, юго-восточнее нынешнего Тобольска, в XI в. было образовано тюрко-монгольское ханство, ханы которого не принадлежали к чингисидам. Однако чингисиды дома Шейбани, которые кочевали на юге Урала до истока реки Тобол, не замедлили захватить эту страну к востоку от Тобола. Речь идет о бассейне Туры, левого притока Тобола, где в 1428 г. был провозглашен ханом глава шейбанидов Абулхайр. В 1480 г. другой шейбанидский принц, принадлежавший к младшей ветви, Ибак, отвоевал у ханов Сибири Тюмень, неподалеку от мест слияния Туры и Тобола. Кучум, внук Ибака (1556–1598 гг.) воевал против сибирского хана Ядигара. Последний обратился за помощью к Московскому царю Ивану Грозному (1556 г.). В период между 1563 и 1569 гг. он все же потерпел поражение от Кучума и был убит, а властителем Сибирского ханства стал хан Кучум. Чтобы упрочить свою власть, он согласился признать царя своим сюзереном, но, укрепив свое ханство, стал оспаривать у России протекторат над остяками и напал на фактории русского купца Строганова. Кстати, Кучум активно ратовал за распространение ислама в Сибири.