Тем временем поставивший себе целью захватить наследие Амира Темура Шейбани-хан по-прежнему инициативу держал в своих руках. В мае 1507 г. Герат получил известие, что армия Шейбани вступила в пределы Хорасана. Это обстоятельство вызвало полную растерянность в правящих кругах столицы, поскольку ничего не было готово к отпору узбеков. И вот тогда, как отмечают некоторые источники, у мусульман появился фаталистический взгляд на всю эту ситуацию: «…предопределенного причиною всех причин никакие человеческие силы предотвратить не могут, что волею неумолимого рока мера жизни дома Темура исполнилась и Хорасану суждено перейти в другие руки», поэтому никакие мероприятия эмиров и государей против этого не принесут пользы.

Посему город Андхуд был отдан Шейбани-хану с восточным подобострастием, Бадже – также. Путь на Герат был открыт. Седьмого мая узбекские авангарды появились на подступах к столице. Для принцев-темуридов этот факт был как гром среди ясного неба. Спешным порядком они выслали против узбеков войска, которые находились в крепости, что было равносильно, по мнению историка-очевидца, попытке «преградить стремительное течение большой реки броском горсти влажной земли». Конечно же гератские войска были разбиты. И когда подошли главные силы узбеков во главе с самим Шейбани-ханом, великолепная столица выдающегося темурида Султан-Хусейн-мирзы лежала у его ног совершенно беззащитной. Эмиры ретировались по разным городам, войска разбежались. Бадиуз-Земан-мирза направился в Кандагар. Его брат, Музаффар-Хусейн-мирза, простившись с семьей, спешно бежал из своей столицы на запад, в Астрабад.

Оставшиеся в городе сановники и духовенство пришли к логическому заключению о необходимости выразить покорность победителю. В тот же день с письмом к Шейбани-хану был отправлен переговорщик. Как только он выехал за ворота города, узбеки, находившиеся у стен крепости, отобрали у него лошадь, раздели донага и в таком виде доставили его к Шейбани-хану. Последний, ознакомившись с петицией гератцев, объявил себя полновластным распорядителем доставшейся ему империи темуридов. А гератцы, заперев ворота своих домов, в страхе ожидали участи. И в своем ожидании худшего они не ошиблись: «Многие знатные и именитые люди испытали крайние унижения, вопли больших и малых неслись до самого неба, а гаремные красавицы уважаемых семей становились пленницами узбекских солдат и пребывали во всевозможных мучениях, с челом Венеры, целомудренные девицы влеклись за свирепыми, как Марс, монголами по улицам Герата и ни минуты не находили от них покоя».

Тем не менее Шейбани-хан пригласил знатных людей города к себе в ставку. Когда представители гератцев прибыли к Шейбани-хану, их с почетом встретили ханские сановники, отвели в одну из палаток и известили Шейбани-хана об их прибытии. Хан ответил, что он их примет после того, когда они представят ему известную сумму денег «за пощаду» и поднесут соответствующие подарки. Размеры контрибуции были таковы: с простонародья – 100 тыс. одномискальных тангачей (тангача равнялась 6 копекских динарам), от знати – лично Шейбани-хану – 20 тыс. тангачей и 15 тыс. – первому министру хана, кстати, пользовавшемуся его безграничным доверием.

После выполнения всех условий Шейбанихан принял гератскую знать. Также в ставку были вытребованы все женщины и девушки гаремов. Особенно хану понравилась жена Музаффар-Хусейна, племянница Султан-Хусейна, Михранид-бегим, на которой хан немедля женился. Своего же племянника, Убайдуллу-султана он женил на дочери Музаффар-Хусейна. Все ценности представителей династии темуридов пополнили казну Шейбани-хана.