При преемнике Абулхайра, Хайдар-хане, выбранном всеми главами племен, поддерживавшими его отца, по выражению источника времени самого Шейбани-хана, «управление улусом пошло не так, как это было раньше, и потому в преданности Хайдар-хану начальников племен обнаружилась слабость». Этим воспользовались ханы враждебной стороны, Сейдак Айбек-хан, сын побежденного и убитого Абулхайром хана Дешт-и-Кыпчака, Мухаммеда-ходжи, и прикочевавшие в родные степи из Моголистана Джаныбек-хан, сын Барак-хана, а также Бурке-хан, сын Карай-хана, и некоторые эмиры мангкытов. В разгоревшейся войне Хайдар-хан не был поддержан вождями племен, к которым он обращался за помощью. Хан был убит в 1468 г., том же году, что и его отец. Близкие родственники и соратники были либо перебиты, либо захвачены в плен, либо рассредоточились.

Как видим, ожесточенными противниками узбеков дома Абулхайр-хана являлись ханы и царевичи Белой и Золотой Орд и это обстоятельство лишний раз доказывает, что главы племен улуса Шейбана добивались первенствующего значения только путем ожесточенной борьбы с сильными племенами Дешт-и-Кыпчака, и эта крайняя неприязнь последних к двинувшимся из пределов Сибири своим соплеменникам-узбекам не прекращалась даже тогда, когда Шейбани-хан упрочил свое государство в Мавераннахре.

Мухаммед Шейбани, родившийся в 1451 г. (по данному ему в детстве прозвищу Шах-бэхт – «Царственное счастье»), прошел суровую школу жизни. Он и его брат Махмуд-султан в раннем детстве потеряли отца Шах-Будаг-хана, сына Абулхайр-хана, и дед взял сирот к себе на воспитание, поручив их надзору и попечению старого дядьки их отца, уйгура Бай-шейху. После смерти Абулхайр-хана его эмиры с общего согласия отдали сирот на попечение некоему Карачин-беку.

Как было сказано выше, во время восстания узбекских ханов Абулхайр-хан был убит, его родные и сподвижники либо казнены, либо погибли в этом побоище, Карачин-беку удалось спасти юношей из всеобщего хаоса и бежать с ними к мангкытам, во владения астраханского Касим-хана, потомка Тимур-Кутлук-хана.

Ханы, свергнувшие с престола Хайдар-хана, вскоре обратили свое оружие против Касим-хана, вынудив его запереться в Астрахани, его столичном городе, где находились и сыновья Шах-Будаг-хана. Касим-хан, желая спасти их от всяких случайностей осады и, безусловно, возлагая большие надежды на молодых принцев, решил во что бы то ни стало вывезти братьев и их старого попечителя Карачин-бека из города в безопасное место. Он поручил их охрану небольшому отряду. Для осуществления этой нелегкой операции была сделана ночная вылазка с целью нападения на неприятельский лагерь. Во время общей суматохи отряду, сопровождающему принцев, удалось выскользнуть из кольца осады. Когда весть о спасении внуков Абулхайр-хана разнеслась по кочевьям, она вызвала у степной аристократии большие надежды на наступление лучших времен, тем более что оба принца были уже вполне возмужавшими людьми.

Старые, поседевшие в боях былые сподвижники Абулхайр-хана, а также молодежь целыми группами поспешили присоединиться к молодым принцам, вокруг которых таким образом образовался отряд в несколько сот человек.

Пылкий и отважный Мухаммед Шейбани, хорошо помнивший лучшие времена своей жизни под покровительством деда, а потом, после его гибели, испытавший все невзгоды судьбы, в первую очередь решил отомстить одному из тех, кого считал наиболее повинным во всех своих горестях. Это был один из узбекских ханов, кочевавших в районах амударьинского низовья, – Ахмед-хан. Несмотря на его несравнимо большие силы, Мухаммед Шейбани с братом напали на Ахмед-хана: оба проявили безумную храбрость в бою, но одолеть врага не смогли и удалились в ту часть Туркестана, которая входила в состав владений темурида Султан-Ахмед-мирзы, сына Султан-Абу-Саид-мирзы.

В то время правителем темуридского Туркестана был эмир Мухаммед-Мазид, который оказал радушный приют обоим принцам и их дружине. Столь широкий жест объяснялся, очевидно, с одной стороны, тем, что это были внуки хорошо известного темуридам Абулхайр-хана, замужем за которым была дочь Улугбека, неоднократно помогавшего им в династических распрях, с другой стороны, покровительство этим молодым людям, находящимся в смертельной вражде с узбекскими ханами, хозяевами прилегавших к Туркестану безбрежных степей, могло отвлечь жадные взоры кочевников от набегов на культурные оазисы. Мухаммеду Шейбани в ту пору было 27 лет, и ради получения власти он был готов на все.

Лето и зиму Мухаммед Шейбани провел в Туркестане, и в этот период к нему примкнуло много новых сторонников из разных узбекских племен. Для обеспечения запасов провианта Мухаммед Шейбани посылал своего брата Махмуд-султана с несколькими военачальниками в набеги на улусы врагов, откуда те возвращались, как правило, с богатой добычей. Однако, подобные действия и тот факт, что их совершают внуки Абулхайра, ставка которых находится в темуридских владениях, заставили одного из наиболее пострадавших от этих набегов узбекских предводителей с достаточно многочисленным войском двинуться на Туркестан. Узнав об этом, Мухаммед-Мазид, сидевший в хорошо укрепленной приграничной крепости Отрар, предложил принцам покинуть на некоторое время Туркестан и удалиться в Самарканд, очевидно рассчитывая, что отсутствие в его владениях внуков Абулхайра отведет от него враждебные действия кочевников. На пути в Самарканд, у Сайрама, малочисленный отряд Мухаммеда Шейбани подвергся нападению воинов одного из узбекских ханов, и, несмотря на отвагу обоих принцев и их отряда, они были наголову разбиты. Братья с небольшим отрядом едва спаслись и вместо Самарканда направились в Бухару. Там Мухаммеда очень радушно принял местный правитель Мир-Абдулали, который оказал беглецам необходимую помощь. Когда в Самарканд пришло донесение о прибытии в Бухару внуков Абулхайр-хана, Султан-Ахмед-мирза, наслышанный о храбрости и отваге Мухаммеда Шейбани, приказал своему бухарскому наместнику привезти его к нему. В Самарканде Мухаммеду Шейбани был оказан не менее радушный прием самим Султан-Ахмедом. Темурид был очень внимателен, ласков и щедр к своему гостю, пробывшему в Самарканде несколько дней.