Бартольд писал: «После смерти Алтунташа Масуд не решился отнять власть у его потомков, хотя и принял меры к уменьшению этой власти. Титул хорезмшаха получил сын Масуда Саид, а Харун, сын Алтунташа, должен был править в Хорезме только в качестве представителя царевича. Почетные дары, полученные Харуном, составляли только половину того, что получил его отец».

Харун вступил в соглашение с Алитегином и сельджуками и в августе 1034 г. открыто выступил против султана, отменив хутбу на его имя. Выступив вместе с сыновьями Алитегина в 1034 г. против газневидов, Харун был убит.

В 1043 г. многочисленное сельджукское войско во главе с Тугрул-беком и Чагри-беком вторглось в пределы Хорезма и осадило Кят. Хорезмская знать и измученные лишениями горожане выразили покорность сельджукам.

В XI в. и в первой половине ХII в. Хорезм входил в состав государства сельджуков и мог возвыситься лишь в борьбе с сельджуками. Возвышения Хорезма не произошло бы, не будь Караханидское государство в упадке, в противном случае Хорезму пришлось бы иметь дело не с одним сильным противником, а с двумя: две такие могущественные династии, как Сельджуки и Караханиды, никогда не допустили бы возвышения Хорезма и образования в Центральной Азии нового крупного государственного объединения.

В конце 30-х гг. хорезмшах Атсыз (1127–1156 гг.) начинает борьбу за полную независимость Хорезма. Его заслуга перед Хорезмом заключается в том, что он успешно противостоял такому могущественному правителю, каким был сельджукский султан Санджар. Хорезмшах Атсыз умел использовать любую слабость своего сюзерена и вместе с тем противника. Заканчивался ли неудачей поход Санджара против кого-нибудь из его соседей или в его государстве начинались какие-либо внутренние осложнения, Атсыз уже извлекал из этого пользу для укрепления независимости и могущества Хорезма.

Именно в это время стали тесными связи между халифатом и Хорезмом: халиф видел в хорезмшахе возможного союзника в борьбе против сельджуков, посему отношение Санджара к Атсызу резко изменилось.

Как и другие вассалы Санджара, хорезмшах Атсыз, будучи владыкой Хорезма и земель, пограничных с «неверными» кочевыми тюрками, был обязан постоянно совершать на них набеги, но только с согласия или по приказу сюзерена. Самостоятельные шаги в данном случае не допускались. Однако хорезмшах нарушил этот приказ и для увеличения своего влияния и территории он начал войну с кыпчаками и огузами, не испросив на то разрешения султана Санджара. Он захватил земли подвластных сельджукам тюрок по нижнему течению Сырдарьи, включая город Дженд, и продвинулся на север, присоединив к своим владениям Мангышлак. Это было, по существу, первое независимое действие Атсыза по отношению к его сюзерену Санджару.

Когда султан Санджар узнал о своеволии хорезмшаха Атсыза, он решил проучить непослушного владыку и в октябре 1138 г. двинул свои войска на Хорезм. Он не мог поступить по-другому, иначе для других вассалов – Караханидов и Газневидов – это был бы повод для независимых действий.

Битва произошла 15 ноября 1138 г. у стен крепости Хазарасп. Хорезмское войско, состоящее частью из неверных тюрков, потерпело полное поражение и потеряло 10 тыс. человек убитыми, ранеными и взятыми в плен, хорезмшах бежал. Однако вскоре Атсыз вернулся в Хорезм, изъявив покорность Санджару, и был прощен.

Не прошло и нескольких месяцев, как Атсыз начал новый поход во владения Санджара. В 1139 г. хорезмшах напал на Бухару, овладел ею, казнил вали Санджара, разрушил цитадель и стены города. Этот поход и захват Бухары были предприняты хорезмшахом Атсызом в отместку за поход Санджара на Хорезм и убийство сына.

Тем временем в Мавераннахре появилась новая грозная сила в лице каракитаев, которые начали в это время планомерное продвижение в Мавераннахр, поэтому Санджар не принял никаких карательных мер против хорезмшаха. Со своей стороны хорезмшах в тревоге за владения решил вернуться к повиновению султану Санджару и в мае 1141 г. присягнул ему.

Но после Катаванского сражения и бегства султана в Термез хорезмшах нарушил обещание, перешел Амударью, овладел Серахсом и разграбил Мерв. В Хорезм были увезены все ученые, а заодно и казна султана Санджара.

В 1143 г. Санджар восстановил свою власть в Мерве, вторгся в пределы Хорезма и блокировал его столицу – Ургенч. Осада вынудила Атсыза пойти на мирные переговоры с Санджаром. Хорезм подчинился султану и вернул ему сокровища казны, захваченные в Мерве.

В 1147 г. состоялся третий поход сельджукской армии на Хорезм. Причиной послужило раскрытие замысла Атсыза убить Санджара руками исмаилитов.