Смертельный удар Могольской империи нанесло вторжение иранского правителя Надир-шаха. Еще в ноябре 1738 г. он занял Пешавар, однако известие об этом не произвело никакого впечатления в Дели. Историк Гулям Хусайн несколько позднее писал: «Поскольку дороги не охранялись, всякий мог пройти по ним в любом направлении, оставаясь незамеченным; никакие разведывательные данные о происходивших событиях не поступали ко двору; и ни падишах, ни визирь никогда даже не спрашивали, почему они не получают этих сведений». Лишь в середине января 1739 г., когда персы выступили походом на Дели, Мухаммад-шах в сопровождении всего двора и министров, с громадным войском, при котором находилось 300 орудий и 2 тыс. боевых слонов, выступил ему навстречу. В конце февраля при Карнале (недалеко от Дели) произошло решающее сражение. Моголы имели огромное численное превосходство над врагом, но их армия уже никуда не годилась. Надир-шах с помощью хитрости напугал слонов падишаха: они обратились против индийского войска и прошибли в нем брешь, в которую ворвались персы. По преданию, побежденные потеряли 17 тыс. человек. 3 марта Мухаммад сдался Надир-шаху и по его требованию распустил свои войска. 20 марта победители без боя вступили в Дели и захватили колоссальную добычу, оцениваемую в 700 млн рупий. По мирному договору Мухаммад уступил Надир-шаху все свои владения к северу от Инда, вследствие чего моголы навсегда потеряли Афганистан. В середине мая, отягченные индийскими сокровищами, персы двинулись в обратный путь. После их ухода Могольская империя осталась «истекающей кровью и обессиленной». Ее слабость стала очевидна для всех, и от ее былого престижа не осталось и следа.

Мухаммад скончался в 1748 г. Перед смертью он совершенно утратил рассудок вследствие злоупотребления опиумом. Ему наследовал сын Ахмад-шах, такой же никчемный человек, как и его отец. В 1752 г. афганский шах Ахмад отобрал у моголов Кашмир. По мирному договору падишах передал афганцам всю восточную часть страны вплоть до Сирхинда. В 1754 г. он был свергнут и ослеплен своим визирем Гази ад-дином, который возвел на престол сына Джихандара Аламгира. Никакой реальной власти тот не имел и был послушным орудием в руках всесильного временщика. Достоинство падишаха в это время пало, как никогда, низко. Даже в Доабе Великий Могол не считался теперь полновластным правителем. В 1754 г. в Аллахабаде провозгласил себя независимым Мухаммад Кули-хан (правил до 1758 г.), а в 1756 г. в районе Агра-Дели возникло государство джатов, управляемое Сураджем Малой. В 1756–1757 гг. последовало новое вторжение в Индию афганского Ахмад-шаха. Он без боя вошел в Дели и взял огромную добычу, оцениваемую в 120 млн рупий. По новому договору Аламгир уступил ему Пенджаб, Кашмир и Синд. В 1757 г. Дели был захвачен маратхами. В 1759 г. афганцы отбили у них могольскую столицу и подвергли ее разгрому. Однако тотчас после их удаления Гази ад-дин с помощью маратхов снова взял город и велел заколоть падишаха (в ноябре 1759 г.). Сын Аламгира, Шах Алам, сумел спастись и бежал под защиту наваба Ауда. Новым падишахом победители объявили внука Кам-Баша, Шах Джахана III.

Это было время наивысшего могущества маратхской державы. Вслед за тем наступило ее быстрое ослабление. В 1760 г. Ахмад-шах взял Дели и возвел на престол сына Аламгира, Шах Алама. Он считается последним энергичным правителем из рода Великих Моголов. Но, несмотря на всю свою предприимчивость, Шах Алам был не в силах изменить жалкого положения правящей династии. Власть падишаха не распространялась за стены Дели, да и здесь он не мог чувствовать себя в безопасности. В январе 1761 г. афганцы нанесли маратхам сокрушительное поражение в грандиозной битве при Панипате, после чего Ахмад-шах отдал Дели одному из своих союзников – вождю рогиллей Неджебу.