Покорив Армению, Темур оставил некоторым эмирам власть в их владениях после получения заверений в преданности. Затем он разбил лагерь у подножия Гиланских гор, где стал ждать наследного принца Фарса Зайн аль-Абидина. За год до этого Темур получил клятву верности от шаха Шуджа, музаффарида, которому принадлежал трон Фарса и были в подчинении южные и центральные провинции Ирана. После смерти монарха его сын Зайн стал властителем Фарса, а его племянник шах Мансур – правителем Исфахана и Язда. Но новый шах Фарса и Шираза не явился на прием к Темуру, более того, он допустил непростительную оплошность, силой удержав посла, который приехал за ним.

Для Великого эмира это был удобный случай вмешаться в дела государства, и он направился на юг, и в конце 1387 г. его армия появилась у стен Исфахана. Темур намеревался мирным путем взять этот богатый город и удовлетвориться крупной данью. Сначала все шло хорошо. Правитель города и высшие чиновники вышли ему навстречу и передали ключи, а также дали торжественное обещание собрать требуемую сумму.

Опасаясь, что горожане не послушаются их, они попросили Великого эмира послать сборщиков налогов. Темур согласился и вошел в город с сильной охраной. Тем не менее вечером он и его войска покинули город и разместились за его стенами, дабы предотвратить возможные злоупотребления своих солдат по отношению к мирным жителям. Темур выставил у ворот небольшую охрану – три тысячи солдат – вместе со сборщиками дани.

Когда начался сбор дани, произошел инцидент: горожанку пытался изнасиловать солдат. Свидетелем оказался кузнец, поднявший тревогу. В мгновение ока чиновники и солдаты Великого эмира подверглись нападению и были уничтожены разъяренной толпой. Солдат, спасавшихся бегством, убивали на улицах города. Восставшие бросились к воротам и, застав охрану врасплох, перерезали ее. Потом они забрали оружие погибших, забрались на крепостные валы и начали готовиться к бою. В ту ночь погибло 3 тыс. воинов Темура. Спаслось лишь несколько человек, которых укрыли благоразумные горожане.

Проснувшись, Великий эмир узнал о побоище от одного из приближенных, сына которого убили в ту ночь. Темур никогда не был милосердным к тем, кто бунтовал после заверений в своей преданности. В этой ситуации малейшая слабость со стороны Великого эмира повлекла бы за собой, как цепная реакция, восстания покоренных народов тех стран, где находились относительно малочисленные войска Темура.

Охваченный гневом, он отдал приказ уничтожить всех жителей Исфахана. Исключением стали дома именитых и духовных лиц и тех, кто спас жизни солдат, уцелевших от резни.

Исфахан пал очень скоро, и армия уничтожила жителей города. Великий эмир пожелал, чтобы в репрессиях приняли участие все его отряды, и приказал каждому принести определенное количество отрубленных голов. К концу дня чиновники записали в своих отчетах 70 тыс. голов, из которых сделали пирамиды вокруг мертвого города.

Вскоре после бойни Темур ушел из города и направился в Шираз. Весть об истреблении жителей Исфахана опередила его: Шираз сразу открыл свои ворота. Что касается властителя, то он сбежал к своему племяннику шаху Мансуру, а тот несколько дней спустя приказал ослепить его.

Шираз был присоединен к империи и получил правителей, присланных из Самарканда. Лучших мастеров отправили в столицу империи для украшения ее.

В Ширазе, согласно хроникам, произошла любопытная встреча Темура с поэтом Хафизом. Великий эмир строго вопросил поэта, как он смел в своей поэме подарить возлюбленной за одну лишь ее родинку Самарканд! Тогда Хафиз показал ему на свои бедные одежды и ответил, что уже достаточно наказан за свое безумное расточительство. «Впредь обращайся осторожнее со своим добром, а особенно с моей столицей», – заметил Темур и отпустил остроумного собеседника, одарив его деньгами.

Грандиозные планы Темура относительно завоеваний богатых цивилизованных стран на юго-западе отдалил вынужденный поход в северные ханства кочевников. Этот поход был вызван смертельной опасностью в лице Тохтамыша, мечтающего о титуле властелина Азии, о чем было рассказано ранее.

В Иран Темур вернулся в 1392 г. в связи с тем, что во многих провинциях во время его отсутствия начались восстания.