В то время, пока Темур находился в Гоби, его главный враг, хан Камар ад-Дин, оставался непобежденным. Не успела армия Темура вернуться в Мавераннахр, хан Камар ад-Дин снова установил свою власть в долине Или. Поэтому в 1390 г. Темур вновь отправил против него войска. Из Ташкента они прошли Иссык-Куль, переправились через Или в районе Алмалыка, продвинулись за Кара-Тал и преследовали армию Камар ад-Дина до Черного Иртыша, где и потеряли его след. Камар ад-Дин исчез на Алтае, и о нем больше не слышали. Солдаты Темура развлекались тем, что выжигали имя своего полководца на стволах алтайских сосен, затем по берегу Балхаша вернулись в Мавераннахр.

Исчезновение Камар ад-Дина позволило Хизру Ходже вернуть себе трон Моголистана. Новый глава дома Дуглата, эмир Худайдад, племянник Камар ад-Дина, который считался легитимистом, сам призвал Хизра Ходжу и помог ему взять власть. Новый хан был убежденный мусульманин. По духу он был близок Темуру, и скоро между ними был заключен мир. Примерно в 1397 г. Хизр Ходжа отдал свою дочь в жены Темуру, который очень высоко ценил этот союз, так как он ввел его в знатный чингисидский род.

Хизр Ходжа умер в 1398 г., и трон Моголистана наследовали три его сына. Все трое имели покровителем дуглатского эмира Худайдада. Темур, воспользовавшись смертью своего тестя, отправил новую военную экспедицию в Кашгарию (1399–1400 гг.). Войска под командованием Мирзы Умара, его внука, вошли в Кашгар, разорили Яркенд, взяли город Аксу (жители которого откупились тем, что выдали богатых китайских торговцев, живших среди них), затем один отряд отправился на северо-запад грабить Баи и Куча. После этого Мирза Умар направился в Хотан, жители которого встретили его дарами и объявили себя подданными Темура. В Самарканд он возвратился по Андижанской дороге через Фергану.