Хотя Тохта и получил от Ногая помощь в завоевании трона, он не намеревался оставаться пожизненно его должником. Тохта проявил себя очень способным правителем и человеком совершенно иного склада, нежели Туда-Менгу и Тула-Бука. Благоговейный приверженец культа Неба, он был проникнут суровыми монгольскими традициями и верил во всемонгольское единство. Достаточно осторожный, чтобы избегать поначалу открытого столкновения с Ногаем, Тохта с самого начала своего правления занялся организацией сильной армии и администрации. Но он вынужден был сделать еще несколько уступок Ногаю, прежде чем почувствовать себя готовым открыто противостоять ему.

Пользуясь переменой на троне в Золотой Орде, официальный великий князь Андрей Городецкий в сопровождении нескольких ростовских князей и ростовского епископа отправился к Тохте для возобновления ярлыка и изложил ему свои жалобы на креатуру Ногая – правящего великого князя Дмитрия Переяславского. Последний отказался появиться при дворе Тохты, считая себя вассалом Ногая. Князь Михаил Тверской (сын великого князя Ярослава II) также принял сторону Ногая и направился для подтверждения своего права на трон к нему, а не к Тохте. И князь Даниил Московский (самый младший сын Александра Невского) отказался появиться при дворе Тохты. Таким образом, разделение властей в Золотой Орде привело к образованию двух соперничающих групп среди русских князей. Тохта отказался мириться с подобным положением и предпринял энергичную попытку утвердить свое господство над всей Северной Русью.

Хотя хан Ногай решил на сей раз не вмешиваться в русские дела, его, вероятно, беспокоили решительные действия Тохты. Он посчитал необходимым напомнить Тохте, что высшая власть в делах Золотой Орды все еще принадлежит Ногаю. В связи с этим в 1293 г. главная жена Ногая, Байлак-хатун, нанесла визит ко двору Тохты и была принята с достойным почетом. Через несколько дней празднеств она сказала Тохте, что его «отец» (т. е. сюзерен) Ногай хочет предостеречь его от ряда военачальников, которые раньше поддерживали Тула-Буку и которых Ногай считает опасными. Она назвала двадцать три из них: Тохта вызывал каждого по очереди в свой шатер и казнил одного за другим.

Это свидетельство преданности Тохты успокоило Ногая. И он решил расширить свое влияние в Сербии, послав туда армию: у короля не было выбора, как признать себя вассалом Ногая (около 1293 г.).

В этом же году началась затяжная война между Генуей и Венецией. Ввиду широкой торговой экспансии двух итальянских республик в Восточном Средиземноморье, конфликт повлиял не только на отношения каждой из них с рядом восточных стран, но и на международную политику в целом как в Европе, так и в Азии. Генуэзцы прочно обосновались в крымских портах во время правления Менгу-Тимура. Венецианцы, возмущенные тем, что утратили былые преимущества в прибыльной черноморской торговле, вскоре попытались восстановить свое положение в Крыму.

Торговые компании генуэзцев и венецианцев уже полвека существовали в Крыму. В 1266 г. тюрко-монголы предоставили генуэзцам участок земли в Каффе для представительства и складов, это стало началом крупной генуэзской колонии в Крыму. Итальянские торговцы добирались до Нижней Волги, города Сарай, столицы золотоордынских ханов и крупного торгового центра. Они, помимо всего прочего, покупали там молодых рабов-тюрков и перепродавали их мамлюкам Египта для пополнения армии. Недовольный такой торговлей, которая лишала его лучших солдат, хан Тохта занял враждебную позицию по отношению к итальянским торговцам. В 1307 г. он приказал арестовать генуэзцев, жителей Сарая, и послал войска в генуэзскую колонию в Крыму. 20 мая 1308 г. генуэзские колонисты сами подожгли город и сбежали на кораблях. Ситуация оставалась напряженной до самой смерти Тохты (август 1312 г.). Но это позже, а к концу 90-х гг. XIII в. отношения Ногая с Тохтой стали очень напряженными. По всей вероятности, генуэзцы попросили Тохту о защите как от венецианцев, так и от поддерживавшего их Ногая. А Ногай предложил убежище и сотрудничество ряду военачальников Тохты, которые дезертировали от своего хана. Сыну одного из них Ногай даже отдал в жены свою дочь.